Program Jaya Waris merupakan program tahunan MTST bagi merapatkan hubungan antara ahli keluarga pelajar dan para pendidik MTST. Program ini juga seumpama majlis restu ilmu yang sering diadakan ketika di ambang musim peperiksaan, namun Jaya Waris diadakan dua kali dalam setahun untuk menjalinkan hubungan yang erat di antara keluarga dan MTST.

Jaya Waris 2 telah diadakan pada 21 September 2013 dengan kehadiran ibu bapa pelajar calon PMR 2013 dan juga guru-guru MTST. Antara aktiviti Jaya Waris 2 ialah Solat Hajat berjamaah, ceramah motivasi yang disampaikan oleh Ustaz Haris Bin Mat Yusoff, Restu Ilmu, sesi dialog dan lain-lain. Program bermula seawal 8.30 pagi dan berakhir hingga solat Zohor.

Maahad Tahfiz Sains Tumpat telah mengadakan satu lawatan ke negeri Sarawak bagi mengisi aktiviti program selepas Peperiksaan PMR. Lawatan ini disertai oleh 27 orang pelajar tingkatan tiga serta diiringi tiga orang guru pengiring iaitu Tuan Mudir Ustaz Suhaimi Sulaiman, Ustaz Silmi Omar dan Ustaz Nazri Shamsudin. Program ini mendapat kerjasama daripada Jabatan Kemajuan Islam Malaysia (JAKIM) cawangan Sarawak dan diadakan selama lima hari pada 26 sehingga 30 november 2011.

MTST - Tanggal 25 April 2011, Unit Asrama MTST telah menganjurkan satu program yang diberikan nama Malam Kesenian Islam MTST 2011. Program yang melibatkan seluruh warga MTST ini bertujuan untuk mengeratkan hubungan ukhuwah islamiah dikalangan warga MTST disamping mengasah bakat-bakat terpendam pelajar di dalam aktiviti pertandingan yang dianjurkan.

Program bermula pada jam 7.30 malam dengan solat Maghrib secara berjemaah seterusnya membaca Al-Quran beramai-ramai seperti rutin harian biasa kemudian di sajikan dengan sedikit tazkirah sebelum solat Isya' berjemaah. Malam Kesenian Islam MTST 2011 dimulakan dengan ucapan pengarah program iaitu saudara Ahmad Farhan Bin Rosli pelajar tingakatan 3, kemudian ucapan perasmian oleh Penolong Kanan Pentadbiran Ustaz Aubaidillah Bin Yusoff.

Alumni MTST 2010 telah mengadakan suatu program dalam rangka untuk menzahirkan rasa rindu kepada warga MTST dan mengenang jasa para murabbi yang telah banyak berjasa kepada mereka. Program ini berlangsung selama tiga hari dua malam (21-23 April 2011) dengan penglibatan daripada 40 orang alumni 2010 dan guru-guru MTST.

Program sebegini sangat wajar diadakan agar keakraban dan hubungan di antara guru-guru dan bekas pelajar sentiasa segar terjalin. Segala kenangan lama kembali bermain diingatan apabila saling bertemu dan bersua muka, bagai baru semalam semuanya berlalu.