Secara ringkasnya, sistem pembelajaran yang diguna pakai di Maahad Tahfiz Sains Tumpat adalah menggabungkan tiga sistem iaitu
- Pengajian ilmu-ilmu al-Quran
- Pengajian ilmu diniah (arab & agama)
- Pengajian ilmu akademik.
Selain daripada menghafaz 30 juzuk Al Quran, ilmu-ilmu pengajian Al-Quran adalah merangkumi ilmu qiraat, tajwid dll.
Manakala ilmu diniah diajar berasaskan sukatan universiti Al Azhar, Mesir yang telah disusun semula oleh Yayasan Islam Kelantan. Matapelajaran ini termasuk ilmu feqah, tauhid, hadis, mutalaah yang diajar dalam bahasa arab.
Sukatan akademik pula adalah berasaskan KSSM seperti mana yang diajar di sekolah menengah kebangsaan yang lain. Matapelajaran yang diajar adalah 9 matapelajaran untuk PT3 seperti matematik, bahasa inggeris dan sains.
** Nota : Tahun 2021 MTST mula mendapat pelajar untuk tingkatan 4.
PAUTAN :
